Theo quy định hiện hành tại Nghị định số 91/2012/NĐ-CP, Chủ tịch UBND cấp xã có quyền phạt tiền, tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng để vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm có giá trị đến 2 triệu đồng. Tại dự thảo, Chủ tịch UBND cấp xã có quyền phạt đến 5 triệu đồng.
Dự thảo cũng nâng thẩm quyền phạt tiền của Chủ tịch UBND cấp huyện từ 30 triệu đồng lên 50 triệu đồng đối với các vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm.
Chánh thanh tra Sở Y tế, Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Sở Công Thương, Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành thuộc Sở Y tế, Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Sở Công Thương được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành; Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành cấp sở thuộc các sở: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương; Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành của cơ quan quản lý nhà nước được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuộc các ngành: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương có quyền phạt đến 50 triệu đồng (theo quy định hiện hành là 30 triệu đồng).
Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành cấp bộ thuộc các Bộ: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương thay vì có quyền phạt đến 70 triệu đồng như quy định hiện hành, dự thảo cũng đề xuất tăng thẩm quyền phạt lên đến 140 triệu đồng.
Kiểm soát viên thị trường đang thi hành công vụ được đề xuất có quyền phạt đến 500.000 đồng thay vì phạt 200.000 đồng như quy định hiện hành.
Cũng theo dự thảo, Đội trưởng Đội Quản lý thị trường cũng có quyền đến 25 triệu thay vì 5 triệu như quy định hiện hành.
Chi Cục trưởng Chi cục Quản lý thị trường thay vì có quyền phạt đến 20 triệu đồng như quy định hiện hành cũng được đề xuất nâng thẩm quyền phạt đến 50 triệu đồng.